Stanisław Moniuszko był osobą religijną. Urodził się w rodzinie katolickiej i do końca życia pozostał wierny temu wyznaniu. Nie mamy wprawdzie dokumentów, które mówiłyby o stopniu religijności jego rodziców, ale jeden z rysunków ojca kompozytora, Czesława Moniuszki, pozwala domyślać się, że w domu rodzinnym religia pełniła ważną rolę.

"Stary dziadzio-Moniuszko siedzi w fotelu na tle bogatego księgozbioru, dwuletni zaś Kazio, synek Stanisława Moniuszki, ciągnie pod pachą dwie olbrzymie książki – na jednej z nich napis Biblia, na drugiej Buffon. Szczęśliwy dziadek rysunkiem tym chciał ojcu zrobić przyjemność przypominając mu nie tak odległe czasy jego dzieciństwa, gdy swoim rodzicom przynosił te same książki i od zarania z nimi obcował. Jest w tym rysunku pewna symbolika. Bo przecież właśnie dzieciństwo Moniuszki upłynęła pod znakiem studiowania zaleceń Biblii, z którą zaznajamiała go matka – i Buffona, przyrodnika z wieku Oświecenia, którym karmili go stryjowie."

W ten sposób zinterpretował ojcowski rysunek Witold Rudziński, jeden z najważniejszych badaczy życia i twórczości kompozytora. Wśród wydarzeń, składających się na biografię Stanisława Moniuszki, w jego dorosłym wskazać można na spora liczbę takich, które świadczą o tym, że wiara była dla niego ważna. Już podczas powrotu ze studiów w Berlinie pierwszym miejscem, do którego skierował swe kroki po przekroczeniu granicy Królestwa Polskiego, był kościół. Wzruszenie kazało mu zatrzymać powóz i wbiec do mijanego właśnie kościoła, wymóc na organiście, by pozwolił mu zasiąść do instrumentu i zagrać na organach, z radością dziękując Bogu za zakończoną naukę i szczęśliwy powrót do domu.

Z organami i służbą w kościele związał się Moniuszko już niedługo po powrocie z Berlina. Po ślubie z Aleksandrą Müllerówną w 1840 roku osiadł w jej rodzinnym mieście Wilnie i tam zarabiał na życie jako organista w kościele św. Jana. Dziś fakt ten upamiętnia popiersie Stanisława Moniuszki stojące na chórze tego kościoła .

Wilno zarówno wtedy, jak i dziś słynęło z cudownego obrazu Matki Boskiej Ostrobramskiej. Do Ostrej Bramy pielgrzymowano z prośbami, modlono się o wstawiennictwo, dziękowano za cudowne uzdrowienia. Obraz Matki Boskiej Ostrobramskiej posiadała też teściowa kompozytora. Zabrała go z sobą, gdy przeprowadzała się do Warszawy po tym, jak Stanisław Moniuszko otrzymał w 1858 roku propozycję objęcia stanowiska „dyrektora” (czyli dyrygenta) w warszawskim Teatrze Wielkim. Obraz zawisł w mieszkaniu kompozytora i codziennie przed wyjściem do pracy (na próbę lub wieczorny spektakl) Stanisław Moniuszko klękał przed nim, żegnając się, a teściowa błogosławiła go, kreśląc na jego czole znak krzyża.

W Warszawie ważnym miejscem był także kościół wizytek na Krakowskim Przedmieściu. Codziennie rano Stanisław Moniuszko chodził tam na poranną mszę świętą, po której dopiero zabierał się za obowiązki. Zaczynał więc i kończył dzień z Bogiem, co podkreśla też wielu badaczy jego spuścizny.

W twórczości Stanisława Moniuszki religia zajmuje ważne miejsce. Dodatkowo, znajomość budowy organów i tajników gry na tym instrumencie, a także zdobyta dzięki codziennej praktyce biegłość pozwoliły Moniuszce na swobodną twórczość w zakresie muzyki organowej. Utwory religijne z towarzyszeniem organów zaczął komponować w latach 50. XX wieku i nie zarzucił tej gałęzi twórczości do śmierci. Do tych kompozycji należą psalmy (m.in. Psalm CXII „Chwalcie Pana, chrześcijańskie dziatki”), hymny (np. Veni Creator na chór mieszany i organy), motet Ecce lignum crucis, opracowana części mszy (m.in. Agnus Dei na bas i organy, Benedictus na chór mieszany, kwintet smyczkowy i organy, Graduale na sopran i alt z towarzyszeniem organów), modlitwy (m.in. O Mario, bądź pozdrowiona na głos i organy, W poświstach wichrów losu na głos i organy), kantata religijna Requiem aeternam (na 11 głosów solowych, chór mieszany, orkiestrę i organy) i siedem pełnych cykli mszalnych (Msza Des-dur, Msza Es-dur, Msza a-moll, Msza e-moll, Msza Piotrowińska, Msza żałobna g-moll, Msza żałobna d-moll) na głosy solowe, chór i organy lub orkiestrę. Do tego zestawu doliczyć trzeba dwa zbiory opracowań organowych pieśni religijnych – Pieśni naszego kościoła na organy ułożone i do grania do mszy czytanej przeznaczone oraz Nieszpory i Pieśń ostrobramska.

Stanisław Moniuszko traktował też organy jako instrument orkiestrowy, wprowadził np. partię organową do opery Halka, do sceny śpiewu wiernych w kościele po ślubie Janusza i Zofii.

Wśród kompozycji religijnych Moniuszki naczelne miejsce zajmują cztery Litanie ostrobramskie, skomponowane w latach 1843-1855 i przeznaczone na chór, orkiestrę i głosy solowe. Pomysł ich napisania wyszedł od Tomasza Zana, popularnego poety wileńskiego. Zaproponował on Moniuszce, by napisał muzykę do „litanii do Matki Boskiej, jaką ludność wileńska zwykła była odmawiać i psalmodycznym sposobem śpiewać w czasie nabożeństw majowych i październikowych”. W ten sposób powstały litanie do tekstów łacińskich, a spośród nich zwłaszcza III Litania, przeznaczona na największą obsadę (solistom i chórowi towarzyszy poszerzony skład orkiestry) cieszyła się największym powodzeniem. Jej charakter i kompozycję chwalił włoski mistrz operowy, Gioacchino Rossini, który wyraził się o niej w ten sposób:

"Panie i kolego kochany, przebiegłem z żywym zajęciem Litanią twej kompozycji, którą mi zaofiarowałeś, szczęśliwy, że mogę ci tu wyrazić szczere moje powinszowanie z powodu dzieła, które godnością stylu i religijną prostotą winno zyskać świetne powodzenie".

Ważna wydaje się także twórczość religijna i działalność Moniuszki powstała w okresie stanu wojennego wprowadzonego w 1861 roku, poprzedzającego bezpośrednio wybuch powstania styczniowego. W czasie tym (1861-1863) poddawano kościół daleko posuniętym represjom. W związku z czasowym zamknięciem przez carat kościołów zamilkły organy, obowiązywał zakaz wykonywania pieśni religijnych poza kościołami, a niektóre pieśni objęte były całkowitym zakazem wykonywania (np. Boże, coś Polskę). W tym okresie Stanisław Moniuszko komponował muzykę organową o tematyce religijnej. W kontekście obiegowej wiedzy o Moniuszce jako twórcy, który nie wziął udziału w powstaniu styczniowym, fakt ten uzupełnia obraz kompozytora jako twórcy podejmującego w swej twórczości aktualne wątki społeczne.

Ale w życiu zawodowym związany był nie tylko z kościołem katolickim. Brał także czynny udział w życiu koncertowym organizowanym przez protestantów. Zwłaszcza w okresie represji po powstaniu styczniowym, gdy z Teatru Wielkiego usunięto wielu artystów, a tym, którzy pozostali (wśród nich także Stanisław Moniuszko) zakazano wykonywania muzyki polskiej, Moniuszko angażował się w organizację kościelnych występów. Współpracował wtedy ściśle z gminą protestancką.