Dyrygent i dyrektor Polskiego Chóru Kameralnego i dyrektor artystyczny Międzynarodowego Festiwalu Mozartowskiego Mozartiana, wykładowca kursów mistrzowskich, profesor sztuk muzycznych − jest uznawany za jednego z najwybitniejszych w Europie specjalistów w dziedzinie muzyki chóralnej.
Ceniąc kunszt artystyczny Polskiego Chóru Kameralnego i jego Dyrektora, współcześni kompozytorzy, polscy i zagraniczni (m.in. Wojciech Kilar, Krzesimir Dębski, Edward Pałłasz, Krzysztof Penderecki, Paweł Łukaszewski, Andrzej Koszewski, Juliusz Łuciuk), już 660 razy powierzyli Janowi Łukaszewskiemu dyrygowanie światowymi prawykonaniami swoich kompozycji. Współpracował m.in. z chórami Polskiego Radia, Filharmonii Krakowskiej, Filharmonii Wrocławskiej i Filharmonii Śląskiej.
Występuje jako dyrygent z takimi orkiestrami jak m.in. Sinfonia Varsovia, Narodowa Orkiestra Symfoniczna Polskiego Radia, Academy of Ancient Music, Akademie für Alte Musik Berlin czy Venice Baroque Orchestra. Obok Polskiego Chóru Kameralnego prowadzi także Chór Chłopięco-Męski Pueri Cantores Olivenses.
Ze swoimi zespołami koncertował niemal we wszystkich krajach Europy, Stanach Zjednoczonych, Kanadzie, Chinach i Japonii. Zasiada w jury konkursów chóralnych, m.in. w Japonii, Walii, na Litwie, we Włoszech oraz Szwajcarii. Jest także jurorem konkursów kompozytorskich w Polsce, Anglii, Francji, Niemczech i we Włoszech.
Dokonał licznych nagrań dla PR i TVP (m.in. 68 ofertoriów G. P. Palestriny), a także dla niemieckich rozgłośni radiowych i stacji telewizyjnych. Zarejestrował ponad 80 płyt CD.
Jako pierwszy dyrygent dokonał nagrania kompletu utworów Krzysztofa Pendereckiego na chór a cappella, za które w 2010 i w 2014 roku otrzymał nagrody Orphee D’or przyznaną przez Academie du Disque Lyrique. W roku 2013 Jan Łukaszewski poprowadził nagranie 55 motetów Andrzeja Hakenbergera (1574–1627) w wykonaniu Polskiego Chóru Kameralnego i szwajcarskiego zespołu instrumentalnego Musica Fiorita.
Płyty nagrane przez Jana Łukaszewskiego były 21 razy nominowane do prestiżowej nagrody Polskiej Akademii Fonograficznej Fryderyk, a pięciokrotnie ją zdobyły − ostatnio w 2014 roku za płytę „Marian Borkowski Choral Works” w kategorii Najwybitniejsze Nagranie Muzyki Polskiej.
Z jego inspiracji odbyły się m.in. Międzynarodowe Sympozja Muzyki Chóralnej, Dni Bachowskie, Festiwal Chopin w Gdańsku, a także kolejne edycje Międzynarodowego Festiwalu Mozartowskiego Mozartiana.
W 2018 Jan Łukaszewski został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.