Ukończył z wyróżnieniem studia w Akademii Muzycznej w Warszawie w klasie organów prof. Andrzeja Chorosińskiego, a w 2003 studia podyplomowe (stypendium im. George'a Soltiego) z najwyższym odznaczeniem w Royal Academy of Music w Londynie w klasie prof. Davida Titteringtona. Jest laureatem wielu nagród przyznawanych przez tę uczelnię, m.in. Peter le Huray, Whalley Organ Scholarship Award oraz nagrody specjalnej przyznanej przez wybitnego angielskiego organistę Petera Hurforda.
Uczestniczył w kursach mistrzowskich prowadzonych przez Marie-Claire Alain, Jamesa Davida Christiego, Ulrika Spang-Hanssena, Kei Koito, Susan Landale, Jona Laukvika, Ludgera Lohmanna, Haralda Vogla oraz Wolfgang Zerera. Brał także udział The McGill Summer Organ Academy w Montrealu.
W 2002 roku otrzymał nagrodę Prix de la Presse podczas konkursu bachowskiego Grand Prix Bach de Lausanne w Szwajcarii. W tym samym roku wystąpił w Royal Festival Hall w Londynie, dokonując prawykonania zadedykowanego sobie utworu na organy solo Salve Sancta Facies angielskiego kompozytora Davida Gortona. Był uczestnikiem wielu prestiżowych festiwali w Wielkiej Brytanii, m.in. The Spanish Baroque Music Festival, London Händel Festival, London Bach Festival, Dartington International Summer School, The Spitalfields Festival, London Organ Forum, International Organ Festival at St Albans, a także koncertów w Czechach, Francji, Grecji, Holandii, Irlandii, Niemczech, Polsce, Szwajcarii, Szwecji i na Węgrzech.
W roku akademickim 2003/2004 wykładał w Royal Academy of Music w Londynie w ramach Pidem Organ Fellowship. Bartosz Jakubczak jest regularnie zapraszany do prezentacji wykładów podczas ogólnopolskich sesji naukowych m.in. przez Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina w Warszawie czy Akademie Muzyczne w Krakowie, Poznaniu i Katowicach. Od 2004 roku pracuje w Katedrze Organów i Klawesynu UMFC, obecnie na stanowisku adiunkta.
Stopień doktora sztuki muzycznej w dyscyplinie artystycznej: instrumentalistyka uzyskał w 2009 roku na podstawie rozprawy Chorał gregoriański w wybranych utworach organowych Charlesa Tournemire’a. W 2015 roku decyzją Senatu Royal Academy of Music w Londynie Bartosz Jakubczak otrzymał tytuł honorowego współpracownika Królewskiej Akademii Muzycznej (Associate of the Royal Academy of Music – ARAM). Przynależność do Akademii przy¬zna¬wana jest jedy¬nie tym absol¬wen¬tom uczelni, któ¬rzy wyróż¬nili się w swo¬jej pro¬fe¬sji oraz wnie¬śli zna¬czący wkład w dzie¬dzinę, którą się zajmują. W tym samym roku otrzymał stopień doktora habilitowanego.